La nouvelle couronne est de savoir comment la recombinaison du virus se produit dans la nature? Xishuangbanna Tropical Jardin botanique dans le Yunnan a découvert récemment une autre coronavirus de chauve-souris, offrant une nouvelle compréhension de l'ouverture des indices de casse-tête chinois et à des scientifiques étrangers.
Pic site de clivage S1 à ce coronavirus de batte de protéine nouvellement découverts et des sous-unités S2 possède une pluralité d'insertion amino acide, a révélé une nouvelle protéine du virus naturel de la couronne de S S1 (HCoV-19) est / S2 site de clivage et les sources recombinantes peuvent insérer un nouveau virus de la couronne. la protéine S est la clé du nouveau virus de la Couronne et les cellules humaines récepteur ACE2 de liaison, les cellules humaines dans l'équivalent d'une « clé ». Et inséré dans les sites de clivage avaient déjà eu lieu les théoriciens du complot qui croient que l'intervention humaine.
Xishuangbanna Tropical Botanical Garden, Pékin Institut des sciences biologiques, l'Académie chinoise des sciences Wuhan résultats de la recherche de virus de plus de l'équipe de recherche conjointe sino-étrangère, la première du Shandong Medical University, les collèges et les universités dans la province du Shandong, les nouveaux cheveux Étiologie et épidémiologie du laboratoire des maladies infectieuses, l'Institut de microbiologie, Académie des Sciences de Chine, une équipe conjointe de chercheurs de l'Université de Sydney, heure locale, le 5 Mars, publié dans le site de prépublication bioRxiv, le document n'a pas été revu par les pairs.
Dans cet article, l'équipe de recherche a rapporté un nouveau coronavirus de chauve-souris source, nommée RmYN02, a été identifié à partir d'analyse du génome de la province du Yunnan en Chine rassemblé 227 chauves-souris en mai 2019 Octobre.
Des études montrent, RmYN02 et HCoV-19 dans l'ensemble du génome viral nouvelle homologue coronavirus 93,3% d'homologie avec HCoV-19 gène 1AB la plus proximale 97,2%. En revanche, le domaine de liaison au récepteur RmYN02 (le RBD) entre HCoV-19 et présente une faible homologie de séquence (61,3%), et ne peut pas être l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) de liaison.
Cependant, comme pour le HCoV-19, RmYN02 est caractérisé par une pluralité d'amino acide insertion au niveau du site de clivage S2 et S1 sous-unités protéiques S. L'équipe de recherche estime que ces preuves de ces événements d'insertion dans la nature peut se produire.
Ces données indiquent que, HCoV-19 du multiple par recombinaison naturelle entre les chauves-souris et d'autres animaux sauvages en présence du virus.
Auteur correspondant du papier comme le premier directeur de l'Institut de biologie Pathogène Shandong Medical University, Laboratoire d'épidémiologie des maladies infectieuses cause émergente des collèges et des universités dans la province du Shandong Shi Weifeng, directeur, Institut de microbiologie, l'Académie chinoise de la transmission du virus et la pathogenèse de l'alerte précoce chef de l'équipe de recherche, projet chercheur Bi Yuhai, centre de protection complète Xishuangbanna tropicale Jardin botanique, chef d'équipe de l'écologie du paysage, professeur agrégé Alice Catherine Hughes.
La nouvelle couronne d'origine virale n'est pas clair, il y a encore un grand nombre d'animaux sauvages coronavirus
HCoV-19 a donné lieu à une épidémie sans précédent de la pneumonie et d'autres régions en Chine, a suscité l'inquiétude de la santé publique dans le monde entier. Bien que les chauves-souris sont considérés comme HCoV-19 le plus probable hôte naturel, mais l'origine du virus reste incertaine.
Documents mentionnés dans quelques enquêtes épidémiologiques de l'épidémie au début des vitrines HCoV-19, la plupart des gens sont allés à Wuhan avant le début du marché des fruits de mer de Chine méridionale, qui vendent une variété d'animaux sauvages, et en fin de compte était 20201er Janvier est fermé.
L'analyse phylogénétique a montré que, HCoV-19 est un peu différent du SRAS-CoV et MERS-CoV nouveau coronavirus. De loin le plus étroitement lié au virus HCoV-19 est RaTG13, il est un des spécimens de chauve-souris en fer à cheval chinois de rufous Académie chinoise des sciences Institut de virologie de Wuhan Dan équipe Zhengli en 2013 dans le Yunnan collection des résultats isolés. RaTG13 nouvelles souches et homologie de nucleotides de la couronne de virus de 96,1%, 92,9% d'homologie avec le gène S. Ces données sont chauve-souris hôtes importants encore que coronavirus.
Toutefois, il convient de noter que la Hong Kong University School of Public Health, Laboratoire d'État clé des maladies infectieuses émergentes, le professeur Guan Yi, Université médicale du Guangxi, le professeur Hu équipe Yanling, et South China Agricultural University, Lingnan moderne sciences et technologies agricoles, Guangdong Laboratoire provincial du professeur Chen Yongyi, Xiao Lihua équipe professeur deux groupes de recherche ont déjà signalé la présence dans le pangolin Sunda de coronavirus HCoV-19 associés, ces pangolin acheminés clandestinement par le illégale dans le Guangxi et du Guangdong.
Equipe mentionné, bien que dans l'ensemble du génome, qui pangolin détecté coronavirus HCoV et-19 est la distance à la distance lointaine RaTG13 et HCoV-19, mais ils sont domaine de liaison (la RBD) du récepteur de la protéine S sur le HCoV-19 est très similaire.
Ainsi, même si on ne sait pas si le pangolin se propage HCoV-19 à l'hôte intermédiaire de personnes dans le processus, mais ils peuvent jouer un rôle important dans l'écologie et l'évolution des coronavirus.
Ils croient que ces résultats peuvent indiquer que le virus dans le pangolin, les animaux sauvages sont encore beaucoup d'échantillons coronavirus, dont certains peuvent être directement impliqués dans l'émergence de HCoV-19 ans.
HCoV-19 comparer et représentant de plusieurs sources chauve-souris des séquences de coronavirus.
Une nouvelle source de coronavirus de chauve-souris, nommé RmYN02
Le document note en mai 2019 Octobre, l'équipe de recherche a recueilli 302 échantillons de Yunnan Mengla dans un total de 227 chauves-souris. Ces chauves-souris appartenant à 20 espèces différentes, la plupart des échantillons de chauve-souris maléique en fer à cheval Rhinolophus malayanus (n = 48, 21,1%), le Hipposideros Hipposideros larvatus (n = 41,18.1%) et faible en fer à cheval brun chauve-souris Rhinolophus STHENO (n = 39,17.2%) est obtenue. Les échantillons provenant de divers tissus, y compris le film d'ailes (219), du poumon (2), le foie (3) et les matières fécales (78).
En plus de trois chauves-souris, chauve-souris tout le reste ont été échantillonnés et relâchés vivants à l'époque.
L'utilisation d'une nouvelle génération de la technologie de séquençage métagénomique, l'équipe de recherche d'abord bloqué les deux séquence consensus préliminaire. La séquence résultante d'échantillons provenant entre le 6 mai 2019 au 30 Juillet, 11 parties de matières fécales maléique Rhinolophus. Après une série de l'étape de vérification, l'équipe de recherche pour obtenir une partie (23395bp) et les chauves-souris coronavirus séquence génomique d'un plein (29671bp), et ont été nommés BetaCoV / Rm / Yunnan / YN01 / 2019 (RmYN01) et BetaCoV / Rm / Yunnan / YN02 / 2019 (RmYN02).
En revanche, RmYN02 étroitement liée à HCoV-19, a montré une identité de séquence nucléotidique de 93,3%, mais la pleine longueur niveau génomique, plus de cohérence RaTG13 et HCoV-19 (96,1%). RmYN02 et HCoV-19 sont très semblables dans la plupart des régions du génome (par exemple, 1ab, 3a, E, 6,7a, N, et 10) ( > une identité de séquence de 96%). En particulier, la plus longue RmYN02 région codante du gène 1AB (n = 21285) et HCoV-19 a atteint la consistance de 97,2%.
Cependant, une identité de séquence RmYN02 et HCoV-19 (nucleotides 71,8%, 72,9% d'acides aminés) dans le gène S est plus faible que beaucoup 97,4% entre RaTG13 et HCoV-19. Il faut également noter que, RmYN02 et HCoV-19 amino acide est seulement une homologie de 62,4% de la RBD. Le coronavirus pangolin de Guangdong et HCoV-19 amino acide homologie dans la RBD était de 97,4%, également dans le domaine RBD et HCoV-19 est actuellement la plus proche.
Autour du modèle d'homologie de HCoV-19, in vitro, et la structure tridimensionnelle des résultats de la protéine indiquent que, HCoV-19 SARS-CoV et analogues peuvent également être utilisés en tant que récepteur des cellules ACE2. L'équipe de recherche a analysé aussi le RmYN02, RaTG13 et deux CoV pangolin utilisation du modèle d'homologie RBD.
RmYN02 comparer et coronavirus représentant la modélisation d'homologie de la structure et de la structure RBD.
Trouvé, RmYN02 RBD amino acide deletion à proximité des sites de liaison au récepteur sont formés plus courte que deux anneaux RBD HCoV-19. Il est important, dans le SRAS-CoV, HCoV-19, RaTG13, pangolin / MP789 / 2019, pangolin / GX mon domaine / P5L / 2017 du mari (sous-domaine externe)
liaison disulfure Conservée manquant dans RmYN02 dans. L'équipe de recherche a spéculé que ces lacunes pourraient entraîner des changements conformationnels, réduisant ainsi le RmYN02 RBD et ACE2 combinés, et même conduire à la liaison.
Bien sûr, il peut y avoir un cas, y compris RmYN02, ZXC21 et ZC45, y compris le chaînon manquant coronavirus associé au SRAS, nous avons utilisé un des récepteurs inconnus.
Il est à noter que précédemment suggéré que, RBD 6 résidus d'acides aminés (L455, F486, Q493, S494, N501 et Y505) sont le déterminant majeur de HCoV-19 se liant au récepteur ACE2 efficace. Conformément à la modélisation d'homologie, pangolin / MP789 / 2019 et HCoV-19 a les mêmes résidus d'acides aminés dans les six emplacements. En revanche, RaTG13, RmYN02 et RmYN01 et HCoV-19 sont identiques un seul résidu d'acide aminé en position.
L'équipe de recherche estime que ce modèle d'évolution et la sélection naturelle est la restructuration d'une combinaison complexe de performance.
Arbre phylogénétique: une pleine longueur génomique, b, gène S; c, RBD, d, RdRp (de l'ARN polymérase dépendante de l'ARN).
L'équipe de recherche a également RmYN02, RaTG13, HCoV-19 a effectué une analyse phylogénétique de chauve-souris et pangolin coronavirus. Conformément aux études précédentes, les bêta-CoV pangolin forment deux sous-types. Cependant, les scientifiques ont écrit, pangolin que ce soit un réservoir naturel de ces virus, ou ils ont obtenu indépendamment des chauves-souris ou d'autres animaux sauvages, qui nécessitent une vérification plus poussée.
Il est intéressant de noter que, dans la majorité du génome viral, RmYN02 HCoV-19 parenté avec la récente, bien que toujours il y a une longue distance entre les deux branches du virus. S affichage de l'arborescence des gènes, HCoV-19 de RaTG13 près, loin et RmYN02, ce qui indique que le gène S qui a subi une recombinaison. Dans le système de RBD arbre phylogénétique, HCoV-19 et pangolin-CoV / GD plus étroitement associés à des virus de chauves-souris sont loin montre encore une fois que se produit la recombinaison. Enfin, l'ARN polymérase dépendante de l'ARN intact (PRDR) gène (fréquemment utilisé dans l'analyse phylogénétique du système d'ARN) montrent une analyse phylogénétique, RmYN02, RaTG13 HCoV-19, et est formé avec un virus de sous-populations pangolin complètement différentes .
HCoV-19 est d'origine naturelle, peut être obtenu par recombinaison
protéine du virus de la grippe aviaire (AIVS) hémagglutinine (HA) similaire de réalisation, la protéine de coronavirus est divisé en deux sous-unités, S1 et S2 en fonction. Polybasique inséré au niveau du site de clivage de certains acides aminés sont considérés comme des sous-types de renforcement AIV pathogénicité.
Notamment, l'une des caractéristiques est le HCoV-19 et de la sortie S2 est un quatre amino acide insertion dans le S1, qui n'a pas été observée dans d'autres lignées autres par coronavirus. Cette insertion est appelé site de clivage de la furine est unique HCoV-19, tous présents dans la séquence HCoV-19 devant être détecté trouvés.
Cette fois, l'équipe RmYN02 en S1 et S2 sont également présents à la jonction de trois résidus insérés AAP, ils pensent qu'il est très important. « Bien que le résidu inséré HCoV-19 (et le nucléotide résultant) et RmYN02 résidus différents, mais qu'ils peuvent être insérés dans un événement distinct, ils se produisent chez les animaux sauvages (MTD) suggère fortement qu'ils origine naturelle, peut être obtenue par la réorganisation ".
Ainsi, ces données suggèrent fortement que l'origine naturelle du HCoV-19.
En outre, l'équipe est déterminée à nouveau les hôtes de chauve-souris RmYN02 sont rhinolophe maléique (Rhinolophus de malayanus) séquence (GenBank accession MK900703) et l'un des échantillons obtenus Rhinolophus maléique identique à 100%.
Malais et rhinolophe chinois Rhinolophus sont largement distribués dans le sud- ouest de la Chine et de l'Asie du Sud-Est. Le document note, en général, ces chauves-souris ne sont probablement pas migrés de longues distances, très grégaires, à vivre dans la même grotte, ce qui peut favoriser l'apparition d'échange virale et recombinant entre eux.
Il est à noter que, les scientifiques ont découvert RaTG13 de frottis anal, nous avons trouvé RmYN02 des matières fécales. Par conséquent, les selles est une chauve-souris propagation du virus à d'autres animaux, en particulier, est un moyen de tirer profit de l'espèce de l'environnement de la grotte de façon simple mais réalisable.
Sur la base des données disponibles, l'équipe de recherche est d'avis, HCoV-19 peut être dérivé d'une variété d'animaux sauvages recombinants événements qui se produisent naturellement. Virus de la chauve-souris peut fournir squelette génétique de HCoV-19, avec la chauve-souris ou d'autres événements de recombinaison supplémentaires résultant de la faune sauvage pour obtenir la protéine S, la RBD et le site de clivage polybasique.
